Как-то не задавалась этим вопросом, т.к. имя городу Вильнюс (Вильня) дали (скорее всего) от речки Вильняле (Вильня),
что впадает в реку Нерис (Вилию) в самом цетре города (внизу замковой горы). Корень у всех слов одинаковый...Сейчас на работе, не могу поикать в книгах ответ.
:-))